保稅區稱(chēng)保稅倉庫區，級別低于綜合保稅區。這是一國海關(guān)設置的或經(jīng)海關(guān)批準注冊、受海關(guān)監督和管理的可以較長(cháng)時(shí)間存儲商品的區域。是經(jīng)國務(wù)院批準設立的、海關(guān)實(shí)施特殊監管的經(jīng)濟區域。

 

  綜合保稅區是設立在內陸地區具有保稅港區功能的海關(guān)特殊監管區域，實(shí)行封閉管理，是目前我國開(kāi)放層次最高、政策最優(yōu)惠、功能最齊全的海關(guān)特殊監管區域，是國家開(kāi)放金融、貿易、投資、服務(wù)、運輸等領(lǐng)域的試驗區和先行區。其功能和稅收、外匯政策按照《國務(wù)院關(guān)于設立洋山保稅港區的批復》的有關(guān)規定執行。即：國外貨物入區保稅，貨物出區進(jìn)入國內銷(xiāo)售按貨物進(jìn)口的有關(guān)規定辦理報關(guān)手續，并按貨物實(shí)際狀態(tài)征稅；國內貨物入區視同出口，實(shí)行退稅；保稅區內企業(yè)之間的貨物交易不征增值稅和消費稅。該區以國際中轉、國際采購、國際配送、國際轉口貿易和保稅加工等功能為主，以商品服務(wù)交易、投資融資保險等功能為輔，以法律政務(wù)、進(jìn)出口展示等服務(wù)功能為配套，具備生產(chǎn)要素聚散、重要物資中轉等功能。保稅區的一種。
 

   國務(wù)院辦公廳2015年9月份印發(fā)了《加快海關(guān)特殊監管區域整合優(yōu)化方案》(以下簡(jiǎn)稱(chēng)《方案》)，按照要求，現有出口加工區、保稅物流園區、跨境工業(yè)區、保稅港區及符合條件的保稅區將逐步整合為綜合保稅區；新設立的海關(guān)特殊監管區域統一命名為綜合保稅區。逐步統一海關(guān)特殊監管區域信息化管理系統，統一監管模式。

保稅區與非保稅區政策對比：

項目	保稅區	非保稅區
海關(guān)管理	實(shí)行保稅制度，貨物從境外運入或運出保稅區，免進(jìn)口稅，免許可證	只是對保稅倉庫或保稅工廠(chǎng)實(shí)行保稅制度
	貨物從保稅區運往國內非保稅區，視同進(jìn)口 貨物從國內非保稅區運入保稅區，視同出口	國外貨物到達口岸后必須辦理進(jìn)口手續 國內貨物離開(kāi)口岸必須辦理出口手續
	區內企業(yè)與海關(guān)實(shí)行電腦聯(lián)網(wǎng)，貨物進(jìn)出采取EDI電子報關(guān)	只有少數大企業(yè)實(shí)行EDI電子報關(guān)
	以《保稅區海關(guān)監管辦法》為法規保障
外匯管理	外匯收入實(shí)行現匯管理，既可以存入區內金融機構，也可以賣(mài)給區內指定銀行	經(jīng)常性外匯收入實(shí)行強制結匯，外匯必須賣(mài)給指定銀行
	無(wú)論是內資企業(yè)，還是外商投資企業(yè)，均可以按規定開(kāi)立外匯賬戶(hù)；不辦理出口收匯和進(jìn)口付匯核銷(xiāo)手續	內資企業(yè)未經(jīng)批準不得保留外匯賬戶(hù)；企業(yè)必須辦理出口收匯和進(jìn)口付匯核銷(xiāo)手續
	經(jīng)常項目下的外匯開(kāi)支，中資企業(yè)和外商投資企業(yè)實(shí)行統一的管理政策，由開(kāi)戶(hù)銀行按規定辦理	內資企業(yè)在結、售匯等方面都與外商投資企業(yè)有區別